英語で"-gh"や"kn-"の"k"など読まない字を「黙字」といい、
昔は発音したが、時代の流れで発音されなくなったもの。
（"kn-"の"k","wr-"の"w"など）、

時代の流れで発音は変化したが綴りはほとんど変わらなかったのが要因。

また語尾の"e"は昔は「エ」とはっきり発音したが
今は、"e"の前の母音が
例えば"a"を「エイ」などと発音するための目印として残っている。
単語の例：time（ティーメ→タイム）。
またisland の"s"や、receipt　の"p"などは
古いヨーロッパの言語の綴りに合わせて敢えて書き入れたもの。

黙字（もくじ）とは、単語や文を表す綴りの中で、
発音されない表音文字や、読み上げられることのない字素のこと。
概要：多くの言語の表記系に存在し、とくに表音文字による表記系において、
現在では発音されなくなった古い音の痕跡が綴り上に遺っているものが多い。
ほかに、借用語でもとの言語の表記に倣ったものや、同音異義語を区別するために
あえて挿入されているようなものもある。
英語の語末の e や gh などのように、それ自体は発音しないが、
前後の母音字などの発音方法を示唆するような役割を担っているものもある。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%BB%99%E5%AD%97

こちらも参考になる。Wikipedia：大母音推移
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%A4%A7%E6%AF%8D%E9%9F%B3%E6%8E%A8%E7%A7%BB
大母音推移（だいぼいんすいい）とは、イングランドの言語である英語の歴史上、
中英語期後期（1400年代初頭）にはじまり、
近代英語期（1600年代前半）に入って完了した、
母音体系の一連の歴史上の変化（→英語の音韻史）である。
最初に研究を行った言語学者オットー・イェスペルセンによる
英語の術語Great Vowel Shiftの直訳。母音大推移ともいう

また、foreignやsignの"-gn"の"g"も読まない。
これは"gn"という綴りがラテン系（フランス語など）で
「ニャ・ニュ・ニョ」の言い出しの発音を表記したもの。
つまりforeignは「フォーれインニ」のような発音だったが、
英語には「ニャ・ニュ・ニョ」の発音が使われないので
"g"を無視して「ン」と発音している。

黙字をまとめてみる。
b: t の前の b ＝doubt, debt, subtle
m の後の b ＝bomb, climb,comb, tomb, womb,plumb, plumber
c: muscle, indict　他
d: Wednesday, handkerchief,sandwich （d を発音する場合もある）
g: foreign, sign, design, paradigm, campaign,
sovereign,gnaw, gnu, gnarl
二重母音・長母音の後のgh: fight, high, night, light, right,dough,
bough, thigh, droughbought, brought, caught, daughter, taught など

h:（単語の最初にあり、母音の前の h）heir,hour,honest,honor
kn- の k: knack, knee, knicker, knight,knit, knot, knowlege
n:（m の後の n ）autumn, hymn, comdemn, solemn
＊atutumnal になると、n を発音する。
p:cupbord,psychology, pneumonia,receipt
ps: corps
s: aisle, debris, island, isle
t: often
sの後のｔ: castle, Chirstmas, fasten, hustle,
listen, wrestle, whistle

母音の前のu: guard, guitar, guess, guest
w: sword
r の前の w ＝write, wreath, wrinkle, wrap, wrong

主な母音変化：
長母音[a:]は、二重母音→[e?]への変化。（nameなど。「ナーメ」→「ネィム」）
長母音[ε:]や[e:]は、長母音[i:]への変化。（feelなど。「フェール」→「フィール」）
長母音[i:]は、二重母音[a?]への変化。（timeなど。「ティーメ」→「タィム」）
長母音[?:]は、二重母音[o?]への変化。（homeなど。「ホーメ」→「ホゥム」）
長母音[o:]は、長母音[u:]への変化。（foolなど。「フォール」→「フール」）
長母音[u:]は、二重母音[a?]への変化。（nowなど。「ヌー」→「ナウ」）

わずか200～300年という短期間に
これほどの変化が起きた原因は特定されておらず、
現在も謎のままであるが、
黒死病（ペスト）により少数の知識階級の人々が死んだため、
大多数を占める下層階級の人々の間で使われていた発音が
表に出てきたという説もある。

ちなみに世界一黙字（置き字）が多い言語はチベット語だそうです。

古式をほぼ踏襲するチベット文字の綴り方は、
現在の発音とは大きく異なってしまっており、
黙字が非常に多い。たとえば「シガツェ」「タシルンポ」はそれぞれ、
"gzhis ka rtse", "bkra shis lhun po" と転写できるような綴りで表記される。
詳細については「チベット語のカタカナ表記について」などの項目を参照のこと。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%81%E3%83%99%E3%83%83%E3%83%88%E8%AA%9E%E3%81%AE%E3%82%AB%E3%82%BF%E3%82%AB%E3%83%8A%E8%A1%A8%E8%A8%98%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6

読まない文字にも価値がある場合がある
上に挙げたようなものに関して、
「発音に関係のない文字は全て削除せよ」というルールの綴り字改革案がある。
しかし、know と no、knight と night、write と rite、
whole と hole、psychosis と sycosis が
それぞれ同じ綴りになってしまうことを好む人はあまり多くないと思われる。
しかし、そういったタイプの綴り字改革案はやはり存在する。
http://www.geocities.jp/yomikata_spelling/silent-consonant-letters.html

>>39 gh はもともと/f/の発音でした。
enough,laugh,toughにその名残りがあります。
ただ、多くの単語では発音しづらいためなのか次第に消滅し、
綴りだけ残ったとされます。