少なくとも漫画の作法においては、キャラクターが動くことによって、事件（エピソード）が起き、ドラマが動くべきです。
読み切りを作るにあたって、全体のストーリーが決まったので、それに都合よくキャラクターをはめ込んでも、たぶんうまくいきません。というより、ツマラナイモノが出来てしまう可能性が大です。
考えるべき順番としては、まずキャラクターが動いて、何か事件または事態が引き起こされ、それによってドラマが進んでいくという形が自然です。これは、かなり経験的にうまくいくやり方で、面白くなる手法です。キャラクターが制御できない、どこへ逢着するか分からないので不安である…という意見もあると思いますが、漫画はどのくらいファジーな方がうまく行きます。連載中のプロの漫画家でも、キャラクターを完全に制御して、物語をコントロールしている人は少ないのではないでしょうか。
キャラクター（主人公）にドラマの進行はお任せして、彼（彼女）をいじり倒すのが、作者のやるべきことだと思います。キャラクターが作品世界を縦横に動き回れるように、艱難辛苦や喜怒哀楽のイベントをぶつけましょう。当事者が何とかしてくれます。それが当初ボンヤリとイメージしていたものと違って来ても良いじゃありませんか。
当初のプランを守ることより、キャラクターが生き生きと動く方が大事です。
キャラクターによる物語の破綻を怖れず、創造的な破壊をして下さい。自分の作ったキャラクターをどのくらい信じられるかというスタンスですね。
もっともっと人（主人公）を信じましょう。
作者は天から大らかな気持ちで見守るべきです。途中でへばったら、そこまでのキャラだし、思っていたより頑張ってくれるヤツならラッキー。
キャラを信じて、祈りましょう。